1900年，由德籍医师埃里希宝隆在上海创建一所医院，定名上海同济医院。同济二字寓意“同济”和“Deutach(德国的)”谐音。起初开设病床约20张，每天门诊额约数十人。

　　1907年宝隆开设德文医学堂，命名为“上海德文医学堂”， 1908年更名为“上海同济德文医学堂”。此即同济大学的前身。学堂学制为8年，包括德文科3年、医预科2年、医正科(亦称医后期)3年。医正科教员参加同济医院的临床工作，医正科学生上课和实习均在同济医院内。

　　1909年宝隆医师因病逝世，为了纪念宝隆创办医院和医学堂的功绩，将同济医院改名为“宝隆医院”。由福沙伯博士接任同济德文医学堂总监督兼总理和宝隆医院院长职务。

　　1911年，宝隆医院购置西式楼房一栋作为病房和医正科学生宿舍。1912年建造德式楼房一栋，作为医正科教学和试验之用。到1927年时，宝隆医院已建成A、B、C、D、E四面合围的5座楼房。

　　1930年时，医院设病床约300张，拥有医、护、技人员138人，日门诊量近300人次。

　　1936年，宝隆医院与同济大学医学院合办护士学校，为半工半读形式。

　　1937年抗日战争爆发，医后期师生撤离宝隆医院随学校由沪西迁，9月医学院抵浙江金华复课，而德籍教授柏德此时辞去医学院院长职务返回上海继续担任宝隆医院院长和外科主任。11月迁至江西赣州、吉安时，绝大多数德籍教授都取道香港返回上海。此时，柏德与上海德国药理研究所所长欧特在石门一路82号筹办德国医学院，宝隆医院作为德国医学院的教学医院。

　　1938年 7月迁往广西贺县八步镇，同年又迁往云南昆明。其间先后建立红十字会临时伤员医院、中国红十字会第十三救护院、南京军医署第五重伤医院、中国红十字会第一重伤医院等，坚持办院、办学。

　　1940年初到达四川宜宾，医后期安排在宜宾女学街县立女中，附属医院住院部在西郊花园，门诊部设在宜宾女学街前都司衙门。在此期间共培养毕业生189人。

　　1945年5月德国战败投降，6月日军占用宝隆医院，改为日本陆军医院，8月日本宣布无条件投降，医院设备被日军洗劫一空。

　　1946年，抗日战争胜利后，宝隆医院被国民党军统局中美合作所抢先接收，改名“中美医院”。1946年6月同济大学迁回上海，“中美医院”归属同济大学医学院。

　　1947年元月医后期学生参加了上海市声援北京学生反对美军暴行的抗暴斗争，五月又投入反饥饿、反内战、反迫害的学生运动。

　　1948年1月29日，同济大学学生不堪忍受国民党反动派的迫害，发生了声震全国的“同济1•29”学生运动。同济职工积极参与救护受伤同学，以实际行动支援了“1•29”学运。

　　1949年6月上海市军管会接管同济大学的同时接管医院。

　　1949年8月医院派邵丙扬医师深入到太仓、南翔、嘉定等地疫区解放军驻地进行普查，历时三个月。

　　1950年1月3日至4月3日，医院组成血防大队第二中队，共计262人，负责治疗驻太仓的解放军。

　　1950年2月，政务院作出同济大学医学院前往武汉的决定。4月22日向全体师生员工传达中央的决定。5月23日同济大学医学院暨中美医院组成代表团赴汉实地考察。

　　1951年2月3日，医院组成113人的上海市抗美援朝第一医疗手术大队到达长春军医大学开展医疗、教学的同时帮助建立规章制度，提高医疗技术水平。同年8月8日，同济医院又组成第二批医疗手术队奔赴长春。

　　1951年5月恢复初创时的原名――同济医院。

　　1951年9月20日中央人民教育部批复“同济大学医学院迁往汉口与武汉大学医学院合并，改称“中南同济医学院”。包括附属同济医院均划归中南卫生部领导。

　　1953年5月新院正式施工，1955年5月竣工。5月15日，在医院大厅举行开幕典礼，院名为“中南同济医学院附属第二医院”。同年8月，中南同济医学院改名为“武汉医学院”， 我院相应改名为“武汉医学院附属第二医院”。

　　1958年，外科抢救成德保，内科抢救汪帮明等均曾轰动全省。

　　1964年，我院率先开展了“减轻病人痛苦，减少医疗费用，保证医疗质量”的“两减一保”活动，得到湖北省委的肯定和赞扬。

　　1978年在党的十一届三中全会的方针、路线指引下，医院开始拨乱反正，恢复各项医疗制度和秩序，逐步对医院管理体制和机制进行了改革。

　　1979年，按照中央卫生部、财政部、国家医药总局关于药品管理改革的精神，对药品进行了“金额管理，数量统计，实销实耗”改革，取消病区小药房，实行统一划价，集中摆药，做到病人药费日清月结。

　　1982年，开始实施门诊业余服务，开展周日业余门诊、专家挂牌门诊等改革，后勤部门实行小型工程单项承包。

　　1984年，医院推行干部聘任制、任期制。

　　1985年5月，医院恢复“同济医院”院名，同年7月，医院更名为“同济医科大学附属同济医院”。

　　1989年，按照国务院的文件精神，开始实施技术经济责任承包，对医疗业务部门实行定任务、定质量、超额提成。

　　1991年，确立争创“三甲医院”的目标。1992年12月，通过了湖北省医院评审委员会的评审验收。1993年，被正式批准为国家三级甲等医院。

　　1996年11月，国务院纠风办、中宣部和卫生部把我院列入全国十家文明服务示范医院之一。

　　1997年5月，卫生部在全国范围内开展创建全国百佳医院活动，1999年，医院被评为全国百佳医院。

　　1997年，医院试行成本核算管理改革。1998年在临床、医技科室全面推开。1999年，对后勤生产部门逐步开始实行成本核算管理改革。

　　2000年5月，国家教育部发文，同济医科大学与华中理工大学、武汉城建学院等学校联合组建华中科技大学，医院更名为“华中科技大学同济医学院附属同济医院”。

　　2000年元月，经过精心准备，科主任负责制正式实施。同时在中级以下医、护、技人员中开始实行末位淘汰制。

　　2001年5月，医院首度召开财经工作会议，提出建章立制、规范管理，建立完善、高效、有序的医院经济运行机制的目标。

　　2004年，提出建设“学习型医院”，推行“人人岗位责任制”。

　　2005年，按照卫生部的部署，深入开展“医院管理年”活动。

　　2008年提出建设“两型医院”，即医疗资源节约型和人文环境友好型医院。